蛋白質間的(de)(de)相(xiang)互作用(yong)構成了細(xi)胞生(sheng)化(hua)反(fan)應網絡的(de)(de)一個主要(yao)組成部分，蛋白-蛋白互作網絡與(yu)轉錄(lu)調控(kong)(kong)網絡對調控(kong)(kong)細(xi)胞及其信號有重要(yao)意(yi)義。本(ben)文(wen)總結了七種蛋白質相(xiang)互作用(yong)的(de)(de)方(fang)法。
但這種方法有(you)(you)兩個(ge)缺陷：一是兩種蛋白(bai)(bai)質的(de)結(jie)合可能不(bu)是直接(jie)結(jie)合，而可能有(you)(you)第三(san)者在中(zhong)間起橋梁作(zuo)用；二是必須在實驗前預測目的(de)蛋白(bai)(bai)是什么，以選(xuan)擇最后檢測的(de)抗體，所(suo)以，若預測不(bu)正確，實驗就得(de)不(bu)到結(jie)果，方法本身具(ju)有(you)(you)冒險性。
蛋(dan)白(bai)(bai)質相(xiang)(xiang)互(hu)作(zuo)用的(de)(de)類(lei)型有牢固型相(xiang)(xiang)互(hu)作(zuo)用和暫時(shi)型相(xiang)(xiang)互(hu)作(zuo)用兩(liang)種。牢固型相(xiang)(xiang)互(hu)作(zuo)用以多亞基蛋(dan)白(bai)(bai)復合體常見(jian)，最好(hao)通過免疫共沉淀(dian)(Co-IP) 、Pull-down技(ji)術或(huo)Far-western法研究。Pull-down技(ji)術用固相(xiang)(xiang)化的(de)(de)、已標記的(de)(de)餌蛋(dan)白(bai)(bai)或(huo)標簽(qian)蛋(dan)白(bai)(bai)(生(sheng)物素-、PolyHis-或(huo)GST-)，從細胞(bao)裂解液中(zhong)(zhong)釣出(chu)與之(zhi)相(xiang)(xiang)互(hu)作(zuo)用的(de)(de)蛋(dan)白(bai)(bai)。通過Pull-down技(ji)術可(ke)以確定已知的(de)(de)蛋(dan)白(bai)(bai)與釣出(chu)蛋(dan)白(bai)(bai)或(huo)已純化的(de)(de)相(xiang)(xiang)關蛋(dan)白(bai)(bai)間(jian)的(de)(de)相(xiang)(xiang)互(hu)作(zuo)用關系(xi)，從體外(wai)傳(chuan)路或(huo)翻(fan)譯(yi)體系(xi)中(zhong)(zhong)檢測出(chu)蛋(dan)白(bai)(bai)相(xiang)(xiang)互(hu)作(zuo)用關系(xi)。
酵母(mu)雙雜交(jiao)(jiao)系(xi)統是當(dang)前廣泛用于(yu)(yu)蛋(dan)白質(zhi)相(xiang)互(hu)作用組學研(yan)究(jiu)的一種重(zhong)要方法。其原理是當(dang)靶蛋(dan)白和(he)誘(you)餌蛋(dan)白特異結合(he)(he)后，誘(you)餌蛋(dan)白結合(he)(he)于(yu)(yu)報道(dao)基因(yin)的啟動子，啟動報道(dao)基因(yin)在(zai)(zai)酵母(mu)細胞內的表達，如果(guo)檢測到報道(dao)基因(yin)的表達產物，則(ze)說(shuo)明兩(liang)者(zhe)之(zhi)間(jian)有(you)相(xiang)互(hu)作用，反之(zhi)則(ze)兩(liang)者(zhe)之(zhi)間(jian)沒有(you)相(xiang)互(hu)作用。將(jiang)這種技術微量化、陣列化后則(ze)可用于(yu)(yu)大規模蛋(dan)白質(zhi)之(zhi)間(jian)相(xiang)互(hu)作用的研(yan)究(jiu)。在(zai)(zai)實際工作中，人們根據需要發展了單雜交(jiao)(jiao)系(xi)統、三雜交(jiao)(jiao)系(xi)統和(he)反向雜交(jiao)(jiao)系(xi)統等。此外，酵母(mu)雙雜交(jiao)(jiao)系(xi)統的作用也已(yi)擴展至對蛋(dan)白質(zhi)的鑒(jian)定。
在編碼噬(shi)菌(jun)體(ti)外殼蛋白基因(yin)上連接(jie)一單克隆抗(kang)體(ti)的(de)(de)(de)(de)DNA序列(lie)，當噬(shi)菌(jun)體(ti)生長時，表面(mian)就表達出相應的(de)(de)(de)(de)單抗(kang)，再將噬(shi)菌(jun)體(ti)過柱，柱上若含目的(de)(de)(de)(de)蛋白，就會與相應抗(kang)體(ti)特異性(xing)結合(he)，這被稱為噬(shi)菌(jun)體(ti)展示(shi)(shi)技術。此(ci)技術也主要用于研(yan)究蛋白質之間的(de)(de)(de)(de)相互(hu)作(zuo)用，不(bu)僅(jin)有高通(tong)量及簡便的(de)(de)(de)(de)特點(dian)，還(huan)具有直接(jie)得到基因(yin)、高選擇性(xing)的(de)(de)(de)(de)篩(shai)選復雜(za)混合(he)物、在篩(shai)選過程中通(tong)過適當改變(bian)條件(jian)可以直接(jie)評價相互(hu)結合(he)的(de)(de)(de)(de)特異性(xing)等優點(dian)。目前(qian)，用優化的(de)(de)(de)(de)噬(shi)菌(jun)體(ti)展示(shi)(shi)技術，已經展示(shi)(shi)了人和鼠的(de)(de)(de)(de)兩種特殊細(xi)胞(bao)系(xi)的(de)(de)(de)(de)cDNA文庫(ku)，并分離出了人上皮(pi)生長因(yin)子(zi)信(xin)號傳導途(tu)徑中的(de)(de)(de)(de)信(xin)號分子(zi)。
表面等(deng)離子(zi)共振技術(Surface Plasmon Resonance，SPR)已(yi)成為蛋(dan)(dan)白(bai)質相互(hu)作用研究中的(de)新手段。它的(de)原理是利(li)用一(yi)(yi)種納米級的(de)薄膜吸附上“誘餌蛋(dan)(dan)白(bai)”，當待測(ce)(ce)(ce)蛋(dan)(dan)白(bai)與誘餌蛋(dan)(dan)白(bai)結(jie)合后，薄膜的(de)共振性質會發生改變，通(tong)過(guo)檢測(ce)(ce)(ce)便可(ke)知這兩種蛋(dan)(dan)白(bai)的(de)結(jie)合情況。SPR技術的(de)優點是不需標記物或(huo)染料，反應過(guo)程(cheng)可(ke)實時監控(kong)。測(ce)(ce)(ce)定快(kuai)速且(qie)安全，還(huan)可(ke)用于檢測(ce)(ce)(ce)蛋(dan)(dan)白(bai)一(yi)(yi)核(he)酸及其它生物大(da)分子(zi)之間的(de)相互(hu)作用。
熒光(guang)共振能(neng)量(liang)(liang)轉移(yi)(FRET )廣泛用于(yu)(yu)研究(jiu)分(fen)子(zi)間(jian)的(de)距離(li)(li)及其相(xiang)互作用；與熒光(guang)顯(xian)微鏡結合，可定量(liang)(liang)獲取有(you)關生物活(huo)體(ti)(ti)(ti)內蛋白質(zhi)、脂類、DNA 和(he)(he)RNA 的(de)時空信息(xi)。隨著綠色(se)熒光(guang)蛋白(GFP)的(de)發展(zhan)，FRET 熒光(guang)顯(xian)微鏡有(you)可能(neng)實時測(ce)(ce)量(liang)(liang)活(huo)體(ti)(ti)(ti)細胞內分(fen)子(zi)的(de)動態性(xing)質(zhi)。提出(chu)了一(yi)種定量(liang)(liang)測(ce)(ce)量(liang)(liang)FRET效率(lv)以(yi)及供體(ti)(ti)(ti)與受體(ti)(ti)(ti)間(jian)距離(li)(li)的(de)簡(jian)單(dan)方法，僅需使用一(yi)組(zu)濾光(guang)片(pian)和(he)(he)測(ce)(ce)量(liang)(liang)一(yi)個比值，利用供體(ti)(ti)(ti)和(he)(he)受體(ti)(ti)(ti)的(de)發射(she)譜消(xiao)除光(guang)譜間(jian)的(de)串擾。該方法簡(jian)單(dan)快(kuai)速，可實時定量(liang)(liang)測(ce)(ce)量(liang)(liang)FRET 的(de)效率(lv)和(he)(he)供體(ti)(ti)(ti)與受體(ti)(ti)(ti)間(jian)的(de)距離(li)(li)，尤其適用于(yu)(yu)基于(yu)(yu)GFP 的(de)供體(ti)(ti)(ti)受體(ti)(ti)(ti)對(dui)。
