蛋(dan)(dan)白質間(jian)的相互作(zuo)用構成了細胞(bao)生(sheng)化反應(ying)網(wang)絡(luo)(luo)的一個主要組(zu)成部分，蛋(dan)(dan)白-蛋(dan)(dan)白互作(zuo)網(wang)絡(luo)(luo)與轉錄調(diao)控(kong)(kong)網(wang)絡(luo)(luo)對調(diao)控(kong)(kong)細胞(bao)及其信(xin)號有重要意義。本文總結了七種蛋(dan)(dan)白質相互作(zuo)用的方法。
但這(zhe)種方(fang)法有兩(liang)個(ge)缺陷：一是(shi)(shi)兩(liang)種蛋白(bai)質的(de)結(jie)(jie)合(he)可能不是(shi)(shi)直接結(jie)(jie)合(he)，而(er)可能有第(di)三者在中(zhong)間起橋梁(liang)作用；二是(shi)(shi)必須在實驗前(qian)預測(ce)(ce)目的(de)蛋白(bai)是(shi)(shi)什么，以選擇(ze)最后檢測(ce)(ce)的(de)抗體，所(suo)以，若預測(ce)(ce)不正(zheng)確，實驗就得不到(dao)結(jie)(jie)果，方(fang)法本身具有冒險性。
蛋(dan)白(bai)(bai)質相(xiang)互(hu)(hu)作用(yong)(yong)(yong)(yong)的(de)(de)類型(xing)(xing)有(you)牢(lao)固型(xing)(xing)相(xiang)互(hu)(hu)作用(yong)(yong)(yong)(yong)和暫(zan)時型(xing)(xing)相(xiang)互(hu)(hu)作用(yong)(yong)(yong)(yong)兩種。牢(lao)固型(xing)(xing)相(xiang)互(hu)(hu)作用(yong)(yong)(yong)(yong)以多亞(ya)基蛋(dan)白(bai)(bai)復合體常見，最(zui)好(hao)通過免(mian)疫共沉淀(Co-IP) 、Pull-down技(ji)術或(huo)(huo)(huo)Far-western法研究。Pull-down技(ji)術用(yong)(yong)(yong)(yong)固相(xiang)化(hua)的(de)(de)、已(yi)標記(ji)的(de)(de)餌(er)蛋(dan)白(bai)(bai)或(huo)(huo)(huo)標簽(qian)蛋(dan)白(bai)(bai)(生物素-、PolyHis-或(huo)(huo)(huo)GST-)，從細胞裂解液(ye)中釣(diao)出與之相(xiang)互(hu)(hu)作用(yong)(yong)(yong)(yong)的(de)(de)蛋(dan)白(bai)(bai)。通過Pull-down技(ji)術可(ke)以確定已(yi)知(zhi)的(de)(de)蛋(dan)白(bai)(bai)與釣(diao)出蛋(dan)白(bai)(bai)或(huo)(huo)(huo)已(yi)純化(hua)的(de)(de)相(xiang)關(guan)蛋(dan)白(bai)(bai)間的(de)(de)相(xiang)互(hu)(hu)作用(yong)(yong)(yong)(yong)關(guan)系(xi)，從體外(wai)傳路或(huo)(huo)(huo)翻譯體系(xi)中檢測出蛋(dan)白(bai)(bai)相(xiang)互(hu)(hu)作用(yong)(yong)(yong)(yong)關(guan)系(xi)。
酵(jiao)母雙雜交(jiao)系(xi)(xi)(xi)統(tong)是當前廣泛用于(yu)蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)質(zhi)相互(hu)作(zuo)(zuo)用組學研(yan)究的(de)一種(zhong)重要方法。其原理(li)是當靶蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)和(he)誘(you)餌蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)特(te)異結(jie)合(he)后，誘(you)餌蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)結(jie)合(he)于(yu)報(bao)(bao)(bao)道(dao)基因(yin)的(de)啟(qi)動子，啟(qi)動報(bao)(bao)(bao)道(dao)基因(yin)在酵(jiao)母細胞內的(de)表達(da)(da)，如果(guo)檢(jian)測到報(bao)(bao)(bao)道(dao)基因(yin)的(de)表達(da)(da)產物，則說明兩者之(zhi)間有相互(hu)作(zuo)(zuo)用，反之(zhi)則兩者之(zhi)間沒有相互(hu)作(zuo)(zuo)用。將(jiang)這種(zhong)技術微量化、陣列化后則可用于(yu)大規模蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)質(zhi)之(zhi)間相互(hu)作(zuo)(zuo)用的(de)研(yan)究。在實際工作(zuo)(zuo)中(zhong)，人們根據需(xu)要發展(zhan)了單雜交(jiao)系(xi)(xi)(xi)統(tong)、三雜交(jiao)系(xi)(xi)(xi)統(tong)和(he)反向雜交(jiao)系(xi)(xi)(xi)統(tong)等。此外(wai)，酵(jiao)母雙雜交(jiao)系(xi)(xi)(xi)統(tong)的(de)作(zuo)(zuo)用也(ye)已擴展(zhan)至對蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)質(zhi)的(de)鑒定。
在編碼噬(shi)菌體(ti)(ti)外殼蛋白基因(yin)上(shang)連(lian)接一單克隆(long)抗體(ti)(ti)的(de)(de)(de)DNA序列，當噬(shi)菌體(ti)(ti)生長(chang)時，表面(mian)就(jiu)表達出相(xiang)應的(de)(de)(de)單抗，再將噬(shi)菌體(ti)(ti)過柱(zhu)，柱(zhu)上(shang)若含目(mu)的(de)(de)(de)蛋白，就(jiu)會(hui)與相(xiang)應抗體(ti)(ti)特(te)異(yi)(yi)性結(jie)合，這被稱為噬(shi)菌體(ti)(ti)展(zhan)示(shi)(shi)技術(shu)。此技術(shu)也(ye)主要用于研究蛋白質之間的(de)(de)(de)相(xiang)互作用，不僅有(you)高(gao)通量及(ji)簡便的(de)(de)(de)特(te)點(dian)，還(huan)具有(you)直接得到(dao)基因(yin)、高(gao)選擇性的(de)(de)(de)篩選復雜混(hun)合物、在篩選過程中通過適當改(gai)變(bian)條件(jian)可(ke)以直接評(ping)價相(xiang)互結(jie)合的(de)(de)(de)特(te)異(yi)(yi)性等(deng)優(you)點(dian)。目(mu)前，用優(you)化的(de)(de)(de)噬(shi)菌體(ti)(ti)展(zhan)示(shi)(shi)技術(shu)，已經展(zhan)示(shi)(shi)了人和鼠的(de)(de)(de)兩種特(te)殊細(xi)胞系的(de)(de)(de)cDNA文(wen)庫，并分離出了人上(shang)皮(pi)生長(chang)因(yin)子信(xin)號傳導途(tu)徑(jing)中的(de)(de)(de)信(xin)號分子。
表面等(deng)離(li)子共振技(ji)術(Surface Plasmon Resonance，SPR)已成為蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)質相(xiang)(xiang)互作(zuo)用研究中的(de)(de)新手段。它的(de)(de)原(yuan)理是(shi)利用一種納(na)米級的(de)(de)薄膜吸附上“誘(you)餌(er)蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)”，當待測蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)與誘(you)餌(er)蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)結(jie)合后，薄膜的(de)(de)共振性質會發生(sheng)改變，通過檢測便(bian)可知這(zhe)兩種蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)的(de)(de)結(jie)合情況(kuang)。SPR技(ji)術的(de)(de)優點(dian)是(shi)不需標記物(wu)(wu)或染料，反應過程可實時監控。測定(ding)快速且安(an)全，還(huan)可用于檢測蛋(dan)(dan)(dan)白(bai)(bai)一核(he)酸及其它生(sheng)物(wu)(wu)大分子之間的(de)(de)相(xiang)(xiang)互作(zuo)用。
熒光(guang)共振能量(liang)(liang)(liang)轉(zhuan)移(FRET )廣泛用(yong)于研究分(fen)子(zi)間(jian)(jian)的(de)(de)距(ju)離(li)及其相(xiang)互(hu)作用(yong)；與(yu)熒光(guang)顯微鏡結合，可定量(liang)(liang)(liang)獲取有關生物活體(ti)內蛋白(bai)(bai)質、脂類、DNA 和(he)RNA 的(de)(de)時(shi)空信息(xi)。隨著綠(lv)色熒光(guang)蛋白(bai)(bai)(GFP)的(de)(de)發展，FRET 熒光(guang)顯微鏡有可能實時(shi)測量(liang)(liang)(liang)活體(ti)細胞內分(fen)子(zi)的(de)(de)動態性質。提出(chu)了一(yi)種定量(liang)(liang)(liang)測量(liang)(liang)(liang)FRET效(xiao)率以(yi)及供體(ti)與(yu)受(shou)體(ti)間(jian)(jian)距(ju)離(li)的(de)(de)簡單(dan)方(fang)法，僅需(xu)使用(yong)一(yi)組濾(lv)光(guang)片和(he)測量(liang)(liang)(liang)一(yi)個比值(zhi)，利用(yong)供體(ti)和(he)受(shou)體(ti)的(de)(de)發射譜消(xiao)除光(guang)譜間(jian)(jian)的(de)(de)串(chuan)擾(rao)。該(gai)方(fang)法簡單(dan)快速(su)，可實時(shi)定量(liang)(liang)(liang)測量(liang)(liang)(liang)FRET 的(de)(de)效(xiao)率和(he)供體(ti)與(yu)受(shou)體(ti)間(jian)(jian)的(de)(de)距(ju)離(li)，尤(you)其適用(yong)于基于GFP 的(de)(de)供體(ti)受(shou)體(ti)對(dui)。
